Podľa NKÚ nemocnice niesú hospodárne, rozpočty majú len formálne a neriadia sa nimi.
Kontrola taktiež zistila nedostatky v oblasti obstarávania, využívania, opráv a údržby zdravotníckej techniky.
Nemocničné tendre majú málo účastníkov a často ich vyhrávajú sprostredkovatelia, ktorých nemocnica vopred oslovila. Skutoční dodávatelia tak často končia ako subdodávatelia pre víťazov tendrov, čo navýšilo ceny o 32-167%.
Výsledky kontroly NKÚ posunie prokuratúre, polícii aj Protimonopolnému úradu.
NKÚ poukazuje na to, že nemocnice vôbec nedodržiavajú svoje rozpočty a nehrozia im za to žiadne sankcie. Nesnažia sa výdavky prispôsobovať príjmom a nebránia sa tvorbe nových dlhov.