Nákladná vodná doprava v súčasnosti prebieha len po rieke Dunaj a jej objem je nízky. Predvlani lode previezli 5,7 mil. ton tovarov, z toho 4 mil. bol medzinárodný tranzit. Po železnici sa vlani prepravilo 47 mil. ton a po cestách 147 mil. ton. Vláda chce v najbližších štyroch rokoch minúť 137 mil. € z EÚ fondov a štátneho rozpočtu na modernizáciu dunajských prístavov a zlepšenie splavnosti Dunaja. Ďalších 123 mil. € pôjde na rekonštrukciu plavebných komôr vodného diela Gabčíkovo.